Деревня Южный двор в старину называлась Вёгорукса (одно из самых древних сёл в Заонежье). В XV веке оно принадлежало богатому новгородскому боярину Ф. Глухову. К XVI веку здесь было уже несколько деревень, объединенных общим названием. Вегорукса была важным пунктом на древнем пути из Новгорода к Белому морю. На Кораблях из Шуи плыли по Онежскому озеру в Вегоруксу, а отсюда двигались уже по суше к Великой губе и дальше – на север. Поэтому здешняя церковь была не только культовым сооружением, но и своеобразным маяком для кораблей.
Нынешняя Никольская церковь появилась в деревне Вегорукса приблизительно в XVII – XVIII вв., сменив более ранние постройки. Ее маленькая глава, пятигранная аспида и обширная трапезная типичны для заонежского зодчества. Однако нигде в Заонежье нет столь внушительной мощной звонницы. Она господствует над церковью, и именно благодаря ей церковь приобрела значение маяка, видного за много километров. Интерьер церкви поражает блеском, великолепием, декоративной нагруженностью. Резной иконостас и царские врата сверкают позолотой. На стенах много икон, "небо" украшено росписью, органично сочетающейся с простыми деревянными стенами.
В помещении Никольской церкви нашли несколько древних икон XIV – XV вв. Они размещались не в большом иконостасе, а на стене трапезной. Вероятно, эти иконы остались от более ранних здешних церквей, и их перенесли в новую постройку. Самая ранняя из икон – "Апостол Петр", написанная в XIV или в начале XV в. местным мастером. Среди обнаруженных произведений есть и работа новгородского художника XV в.: икона с изображением Богоматери и трех святых. Она составляла среднюю часть небольшого трехстворчатого складня, какие в старину, видимо, брали с собой в дорогу. Она могла быть привезена сюда еще в "новгородское" время.
В настоящее время храм не действует. Постоянных жителей в Вегоруксах не осталось, несколько домов используются под дачи. Из архивных источников известно, что в состав поселения Вегоруксы во второй половине XIX века входило 39 дворов с общим населением 306 человек, в начале ХХ века число дворов выросло до 48, а число жителей составило 387 человек. Сейчас о том, что здесь существовало большое село, напоминают лишь заброшенные старые дома-комплексы и церковь, по-прежнему служащая пространственным ориентиром.